Tronchón fue reconquistado por Alfonso II y donado posteriormente a Gastón, Maestre de la Orden de Sant Redentor, cuya sede se encontraba en Cantavieja. En el año 1212 pasó a la Orden del Temple, con los restantes pueblos que formaban la "Baylía": Cantavieja, Villarluengo, La Cañada, Iglesuela del Cid, Mirambel y La Cuba. El Maestre Arnaldo de Castronovo concedió la carta de población en 1272, imponiendo la condición de no poder vender, enajenar, gravar tierras o posesiones del término a personas ajenas al mismo. Tronchón desempeñó un papel fronterizo importante desde su incorporación en 1277 a la Encomienda Templaria de Cantavieja. Como todo el Maestrazgo, pasó diversas vicisitudes y tuvo un papel fundamental en el desarrollo de las guerras de la Independencia y Carlistas. En el último tercio del Siglo XVIII, se puede comprobar el floreciente desarrollo en Tronchón de tres industrias artesanas derivadas de productos propios del terreno y constituyó la base del sustento de una gran parte de los habitantes de la Villa: el queso de Tronchón, los sombreros de fieltro y la cerámica.